Epilepsiforeningens hovedbestyrelse varetager den overordnede politiske og økonomiske ledelse af foreningen mellem landsmøderne.
Hovedbestyrelsens medlemmer udgøres af landsforeningens formand og næstformand, kredsformændene, en ungdomsrepræsentant samt op til 3 personer med særlig indsigt eller interesse i epilepsi, eventuelt med politisk indflydelse.
Hovedbestyrelsen mødes 3 – 4 gange årligt.